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O mistério da epigenética

27.09.19

Notas para uma aula na FCUL 

27.09.12

 

 

 

(A versão online não inclui a secção com dados produzidos no meu laboratório e ainda não publicados)

 

1. "Os mistérios da epigenética" é um título que pede uma explicação. Não é uma ideia original, na verdade, limitei-me a traduzir com alguma liberdade o título de uma revisão de Benjamim Lewin:  The Mystique of Epigenetics

 

2. A hereditariedade diz respeito à transmissão de genes entre gerações, mas no contexto da epigenética também inclui a "hereditariedade mitótica", isto é, que se transmite de célula para célula. "Transmissão" é aqui usada com esse duplo sentido. 

 

3. Existe alguma confusão quanto à etimologia de "epigenética". Há quem pense que epigenética resulta da junção do prefixo "epi" à palavra "genética" e esta ideia é reforçada pela imagética em que vemos uma cadeia de ADN e sobre a cadeia desenhamos as alterações epigenéticas. "Epigenético", como adjectivo de "epigénese", precede cronologicamente o aparecimento do substantico "epigenético", no sentido que Waddington lhe deu em 1942. Waddington fundiu "epigenesis" com "genetics" . 

 

4. Podemos distinguir três fases na evolução do termo: uma definição muito vaga, ao ponto de ser pouco operacional; depois uma definição concreta, com ênfase na noção de transmissão de uma propriedade qualquer que não é codificada pela sequência de ADN; por fim, uma definição que equipara epigenética a regulação da expressão génica. Ver discussão sobre o uso da palavra "epigenética".  

 

5. Pouco depois dos trabalhos do grupo do Institut Pasteur no modelo do operão, surge no mesmo modelo experimental um dos primeiros artigos a definir claramente uma propriedade epigenética: "the existence of induced inheritable changes of the kind described here raises the possibility that some differences which arise in a clone of organisms may be the result of changes in cellular systems other than the primary genetic endowment of the cell."

 

6. Aqui incluo apenas mais uns links para artigos que complementam a aula. Sempre que possível, apresento o pdf, mas nem todas as revistas são de livre acesso:

 

Epigenetic Mechanisms of Genomic Imprinting

 

Chromosome silencing mechanisms in X-chromosome inactivation: unknown unknowns

 

Mechanisms and consequences of widespread random monoallelic expression

 

Mechanisms for the inheritance of chromatin states

 

 

 

 

 

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Metáforas zoológicas em tempo de crise

26.09.19

Crónica de segunda-feira pra o "i" . O começo da versão impressa e online é incompreensível por ter um fragmento de texto que não sei de onde veio. Aqui apresento a versão corrigida.

 

fonte

 Terminada a fantasia da “equidade na repartição dos sacrifícios”, voltam as alusões à natureza. É uma tradição, da “arraia-miúda” (Batoidea) na crónica de D. João I, de Fernão Lopes, ao “quem se lixa é o mexilhão [Mytilus galloprovincialis]” do televisionado Marcelo. Curiosamente, o apelido de Passos Oryctolagus cuniculus tem sido poupado, talvez por se ter transmutado em batráquio (Ranidae) ferido por um Portas (Scorpiones) incapaz de contrariar a sua natureza.

 

Menos inócua do que frases populares e fábulas é a moda da psicologia evolutiva e das neurociências, sobretudo quando pede o que talvez a natureza não possa dar, num mundo já sem divindades e com o discurso político a radicalizar-se. Por exemplo, nas experiências recentes em que um macaco amua quando não é tratado como o macaco vizinho, é tentador ver uma prova da naturalidade do “sentimento de injustiça”, mas será esta necessária para legitimar a conclusão de que um bebé nascido na Quinta da Marinha não precisa dos apoios que devemos a um bebé nascido num bairro social?

 

A direita usa a selecção natural de Darwin para banalizar a “sobrevivência dos mais fortes” e o “egoísmo”, e a esquerda para frisar o valor da diversidade e da cooperação. Nas comunidades de outros primatas, há quem encontre os fundamentos da nossa moral ou da nossa irremediável agressividade. Não há só ciência nisto, há também ideologia. Mas se todos parecem encontrar o exemplo que lhes convém, o exercício é irrelevante para o modo como vivemos.

Se quem julga que inventámos já o melhor sistema político possível tiver razão, não estamos só órfãos de  Ciência, como  no “fim da História”. E se sabemos já tudo o que precisamos de saber, não questionemos o óbvio: que a transferência de riqueza (no sentido certo) em que se baseia o Estado Social é a única forma de minorar o efeito da lotaria do nascimento.

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A Mama: Hist. Natural e Desnaturada

20.09.19
Traduzam, sff.





Só tenho lido e ouvido comentários elogiosos a este livro (1, 2, 3).


Na série Traduzam, sff., arrisco traduções dos títulos no limite do bom senso.

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Links úteis

19.09.19




A partir deste artigo no Occam's Corner (afilhado do Guardian), cheguei a uma lista meritocrática de blogs e afins sobre ciência. Have fun.

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Os números de 15/9

18.09.19

Crónica para o "i".

Foto de Rita Neves

 

Sabemos contar os pinguins da Antártida a partir do espaço. Não sabemos contar os desempregados, crianças, estudantes, domésticas, bolseiros, funcionários públicos, trabalhadores a recibo verde, de “pequenas e médias empresas”, de grandes empresas, reformados e um ou outro turista levado nas enxurradas de gente do passado sábado.

 

A paz social acabou e não está em questão a importância dos rios de gente, nem a força de um “roubaram- -me a juventude na guerra e agora o ordenado na reforma”. Aliás, sem que esta discussão de números seja sobre o sexo dos anjos, reconheça-se que tem algo de campeonato de pirilaus. Mas com tanta sondagem à boca das urnas, tese de jornal da noite por flutuações de décimas nos índices de criminalidade e tanto inquérito para medir a “felicidade” dos povos, é frustrante que a histeria de mensuração não nos dê ainda um valor e incerteza associada para as manifestações, em vez dos tradicionais dois delírios em forma de número fornecidos por organizadores e as forças da ordem. Reparem: se é verdade que só cegueira ideológica ou incapacidade em lidar com muitos zeros levou um indivíduo a escrever que em Lisboa se manifestaram 10 000 pessoas, duvido também que 1 milhão de pessoas tenha vindo à rua no país inteiro. Quantas foram? Ninguém sabe. Basta. Basta também de imprecisão.

 

Com boas imagens, este exercício seria uma brincadeira de miúdos (ver 1,2,3,4,5). Mas se forem miúdos universitários ficarei mais descansado. Nerds do país, uni-vos! Não serão os jornalistas a apurar estes números e estamos a perder uma oportunidade para testar e divulgar metodologias, métodos de amostragem, programas de reconhecimento de padrões, etc. Arranquem com um projecto extracurricular, arregimentem voluntários entre colegas, desenrasquem-se para obter câmaras de filmar, etc. , e preparem- -se para respostas em tempo real. A 29 de Setembro temos outra “manif”. Organizem-se e aparecerão na TV.

 

Adenda: as ferramentas mais simpáticas para fazer estimativas grosseiras são as que medem áreas em mapas (esta é das melhores porque o mapa aparece como uma fotografia); também há versões que funcionam nos telemóveis. Estimada a área real, o que pode ser mais complicado do que parece, a arte passa a estar:

 

1) na escolha da densidade (ou densidades, porque é possível e faz sentido decompor a área em parcelas com diferentes densidades) - 2 pessoas por m2 na Praça de Espanha e 0.5 pessoa/m2 nas artérias de acesso?  Ajuda olhar com atenção para os detalhes nas fotografias aéreas, nomeadamente se forem fotos de Lisboa e não de Istambul.

 

2) no cálculo dos fluxos (quantos entram e quantos saem por unidade de tempo). Para isso é importante olhar com atenção para os vídeos que mostram as pessoas em movimento nas avenidas e recolher testemunhos.

 

 

 

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Ideias com mais vidas do que os gatos

10.09.19
Crónica para o "i".


A apelativa ideia de  “ADN lixo”, sempre reciclada como polémica, acaba de morrer mais uma vez.


Imaginar o genoma composto por uma percentagem elevadíssima de material que não serve para nada seduz pela surpresa, porque não pensávamos ir encontrar desperdício na  “enciclopédia” que guarda a informação que nos constrói. E serve para irresistíveis exercícios de falsa autodepreciação: “somos lixo”, com o subentendido “porém, espectaculares”.


Ao contrário do que se escreveu após a sequenciação do genoma humano, termos apenas 2 vezes mais instruções para proteínas (os genes) do que os insectos que exterminamos sem qualquer rebate de consciência só foi surpreendente para quem desconhecia as estimativas certeiras feitas 3 décadas antes. Foi nesse contexto que Susumu Ohno, um geneticista de ideias fecundas, em 1972 chamou “junk DNA” às vastas regiões do genoma incapazes de codificar proteínas, que para ele eram sobretudo fósseis moleculares, ou seja, marcas deixadas pela evolução nas nossas células, tal como os vestígios de fauna e flora ancestrais em rochas sedimentares. Por ser tão bonita, a ideia tornou-se recorrente, mas sempre para que morresse às mãos da descoberta seguinte. Houve algumas nas últimas décadas.


Assim, há algo de déjà vu  e de  “boa imprensa” na “surpresa” com que agora foi divulgada a catadupa de trabalhos de um consórcio de cientistas que tenta perceber como a informação genética é gerida (1,2,3). Porque a conclusão de que a maior parte do ”ADN lixo” tem um papel na regulação da expressão dos genes confirma a opinião já dominante na comunidade científica, como – de resto - tende a suceder com os estudos que movimentam grandes equipas e muitos milhões . Por ser preciso criar tensão dramática, lá se ressuscitou de novo a velha ideia do grande Ohno. E como ainda ninguém sabe como se faz uma célula a partir de um conjunto de instruções, suspeito que esta não foi a última vez.


Não cheguei a incluir na crónica o capricho principal para a escrever: ver  "Susumu Ohno" impresso em folhas de jornal. Volto aqui quando tiver tempo.

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Água régia

10.09.19

do lat. aqua, água + regia, “id.”

 

Mistura de ácido Nítrico (ver Água Forte) e Clorídrico, também conhecida pelo mais pedestre nome de Ácido Nitroclorídrico 1. Etimologia e “o meu primeiro kit de química” O nome vem da capacidade que esta corrosiva mistura tem de dissolver metais nobres, como o ouro e a platina. O ouro das medalhas Nobel atribuídas a Max von Laue (em 1914) e a James Franck (em 1925) foi dissolvido em ~ e assim permaneceu escondido durante a invasão da Dinamarca pelos nazis. Após a retirada destes, o metal foi precipitado da solução e devolvido à Fundação Nobel, que depois ofereceu novas medalhas. O estratagema encontrado foi original mas de mérito duvidoso já que, salvando a matéria-prima, destruiu o objecto. Dependendo do artista, demos graças ou lamentemos o facto de a moda de dissolver preciosidades para efeitos de ocultação não ter colhido entre os coleccionadores de arte 2. Realidades desconhecidas e Generalizações abusivas Desde que subiu ao Trono, Isabel II do Reino Unido tem-se recusado a tomar banho com o argumento, aparentemente razoável, de que a água que sai do seu chuveiro em Buckingham Palace danifica as Jóias da Coroa. A sua recusa manteve-se mesmo após as Jóias terem sido trancadas na Tower of London e por causa disso, e em vista da sua empatia com a plebe inglesa, também ela é conhecida como “The Great Unwashed” 3. Segredos da Monarquia Lusitana No Palácio Ducal de Vila Viçosa há uma vasta colecção de penicos feitos de nobres metais. Conta-se que foram usados em testes de paternidade reais, pois príncipe que ao neles mictar não largasse fumo, não seria herdeiro legítimo do trono. Esta tradição não vem descrita nos livros oficiais da História de Portugal, talvez devido ao embaraço causado pelo impecável estado de conservação de toda a colecção 4. A cábula do bartenderSoltando vapores e tendo uma coloração amarelada, a ~ dá uns cocktails de belo efeito, sobretudo se ornamentados com uma sombrinha lilás. A base é constituída por uma parte de Ácido Nítrico e três de Ácido Clorídrico, mas não há razão para se não experimentar outros rácios passíveis de prolongar a agonia dos convivas mais irritantes. Por perder propriedades rapidamente, a ~ deve ser preparada no mixer imediatamente antes de ser servida, como é apanágio do bom profisisonal de restauração . Os conhecedores aprenderam também a não mergulhar azeitonas no cocktail, servindo-as sempre num pires à parte.…

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Ânus

08.09.19

S. m.; do Lat. anus 

 

Orifício terminal do intestino por onde são expelidos excrementos e gases tendencialmente nauseabundos (ver flatulência); 1. Sexo, virgindade e pornografia: o sexo anal tem um papel essencial na sexualidade masculina homossexual e opcional na sexualidade de tipo heterossexual; entre jovens de determinadas orientações religiosas, diz-se que é um bom compromisso entre a preservação técnica da virgindade na mulher e a concretização da pulsão animal. Na pornografia – mundo sempre na fronteira da invenção tecnológica- o sexo anal contribuiu para o desenvolvimento de lentes de macro tipo olho-de-peixe. 2. Fisionomia: o termo “cara de cu” cobre um vasto leque de expressões faciais, mas parece ser inefável: todos sabem reconhecer uma, mas ninguém as consegue definir. 3. Geografia: o ~ de Judas é um lugar remoto que ninguém sabe exactamente onde fica, mas servido por uma rede rodoviária mais vasta que a da Roma Imperial. 4. Freudulês: Sigmund Freud identificou três fases no desenvolvimento psicossexual: a fase oral, a fase anal e a fase fálica. Na terminologia freudiana, o retentivo-anal não evoluiu para a fase fálica e desenvolveu uma obsessão com o asseio. Na linguagem popular, o retentivo-anal é aquele que se preocupa em demasia com detalhes, a etiqueta, que é intransigente e incapaz de se descontrair. A postura do retentivo-anal é pouco útil, excepto em caso de diarreia sem papel higiénico ou bidé nas imediações; aí, um domínio do esfíncter anal é mais do que recomendável e o termo reconcilia-se com a sua definição original. 5. Biologia do Desenvolvimento: tema tabu, ou então presença incontornável nos delírios de devassidão e escatologia, é negado ao ~ um estatuto nobre. Só o dizer “it´s a dirty job but someone has to do it” parece fazer-lhe justiça, e a ocasional bufa num elevador com apenas duas pessoas em caso algum de ser motivo para nos antagonizarmos com aquela recôndita parte da nossa anatomia. De resto, de todos os orifícios que o corpo humano apresenta, o ~ é o primeiro a surgir, logo na gástrula, sendo por isso o buraco primogénito. Ora, entre o respeito exigido ao filho tonto e macho de uma qualquer realeza e aquele que devemos ao ~, há muito para reconsiderar, sobretudo em regimes monárquicos sem representação parlamentar. 6. Zoologia: anfíbios, répteis e aves desenvolveram uma estrutura onde vão entroncar os sistemas excretor, digestivo e genital, a cloaca, o que faz do sapo retentivo-anal a criatura mais infeliz à face da Terra.

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-Ase

08.09.19

 Sufixo

 

Sufixo que indica estarmos perante o nome de uma enzima, como polimerase, não sendo a regra válida para nomes próprios e apelidos,como Ilie Nastase (tenista). 1. Questão fracturante: há décadas que gerações de estudantes se debatem com o género da palavra enzima. Masculino? Feminino? Não é invulgar o estudante oscilar, sem razão aparente, entre escrever "o enzima" e "a enzima", o que constitui um raro exemplo de androginia lexical.

 

Nota: A única série do antigo Conta que retomo (republicando e acrescentando) é o Ciclope Cínico, rebaptizada como "Ciclopédia", um dicionário satírico de termos da Biologia escrito em colaboração com Paulo Vieira e inspirado essencialmente no The Devil's Dictionary, de Ambrose Bierce, e no Bouvard et Pécuchet, de Flaubert. Avançamos letra a letra, em modo caótico dentro de cada letra, mas só passando à letra seguinte quando nos parecer que esgotámos a anterior. As palavras sublinhadas serão links futuros. Esperamos ultrapassar o número de entradas de um dicionário técnico convencional e contamos não deixar à descendência e amigos a herança pesada da obra inacabada. 

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Cada um no seu lugar

07.09.19

 

Lembram-se de "The Bell Curve", de Murray e Herrnstein? É de 1994, mas foi provavelmente o último livro de sociologia a ter algum impacto nos media. Nele se defende a tese de que, sendo o Q.I. das pessoas diferente e imutável, não vale a pena gastar recursos com quem nunca irá aprender. O livro tornou-se (ainda mais) polémico por recuperar as ideias de Jensen sobre o Q.I em causasianos e negros, mas esse folclore racial não chega para mascarar os paralelos que existem entre a discussão de então e a que se iniciou agora entre nós a propósito da proposta de se associar o ensino profissional ao mau desempenho escolar, logo aos 12 anos de idade. O último capítulo do livro intitula-se "A place for everyone", forma cândida de enunciar um segregacionismo (também social). Murray e Herrnstein defenderam-no abertamente, atribuindo-lhe uma base genética. Este governo não vai tão longe, apenas segue pelo mesmo caminho. 

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Vasco M. Barreto

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